由于無塵車間臭氧的三氧原子極不穩定，所以凈化車間在使用臭氧消毒時，也決定了臭氧的氧化能力很強，殺菌能力很強。臭氧氣是一種高效殺菌劑。一般情況下，臭氧的半衰期約為20分鐘，當臭氧被氧化消毒后，三十分鐘左右，空氣中的其他多余氧原子就會起作用，形成氧分子，不會產生任何毒性殘留，從而解決了滅菌后的二次污染問題。還有助于提高室內空氣中氧氣的含量。

它在除霉、除臭、除腥等方面都有很強的有機物氣味。在無塵車間，臭氧有助于改善空氣質量。如果臭氧在空氣中的含量超過一定范圍，就會對細菌、病毒和其他微生物的內部結構造成強烈的氧化破壞。在一定濃度和相對封閉的環境中，臭氧擴散速度極快、均勻。只需短短的一小時，就能將車間內的細菌殺滅，同時還能克服紫外線殺菌時會忽略許多死角的問題，從真正意義上做到全程無死角殺菌消毒。

將臭氧通入空調系統進行循環消毒，可減少無塵車間空氣中的懸浮粒子，從而提高空氣的清潔度，從而延長凈化設備的使用壽命。就降低運行成本而言，目前還沒有哪種消毒方法可以與臭氧消毒相比。